Hoàng Kiến Phát sinh vào tháng 1 năm 1965 ở huyện Thiệu Vũ, nay là thành phố cấp huyện Thiệu Vũ thuộc địa cấp thị Nam Bình, tỉnh Phúc Kiến. Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa. Ông lớn lên và tốt nghiệp cao trung ở Thiệu Vũ, đến tháng 9 năm 1980 thì thi cao khảo và đỗ Đại học Chiết Giang khi 15 tuổi, tới Hàng Châu nhập học hệ địa chất học, tốt nghiệp Cử nhân chuyên ngành Địa chất khu vực vào tháng 7 năm 1984.[1] Sau khi tốt nghiệp 1 tháng, ông tiến nhập Sở nghiên cứu Địa chất thuộc Cục Địa chấn Quốc gia – nay được sáp nhập vào Đại học Viện Khoa học Trung Quốc, nghiên cứu địa chấn học và địa chất học chuyên nghiệp, nhận bằng Thạc sĩ Địa chất Địa chấn vào tháng 7 năm 1987, đồng thời được kết nạp Đảng Cộng sản Trung Quốc vào thời điểm tốt nghiệp này. Hoàng Kiến Phát từng tham gia nhiều khóa tập huấn, bồi dưỡng chính trị như khóa tiến tu cán bộ phân bộ cơ quan Đảng và Nhà nước giai đoạn tháng 3–7 năm 2003; tiến tu cán bộ cấp địa, sảnh giai đoạn tháng 5–7 năm 2006; bồi dưỡng cán bộ trung, thanh niên khóa 28 giai đoạn tháng 3–7 năm 2010, tất cả đều ở Trường Đảng Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc.[2]